в общем как я понял, какой то косяк с кодеками, но для меня это лес дремучий.
Пока монтажирую таким способом:
конвертирую AVI в MP4
Вставляю MP4 файл в программу.
Отделяю звук от видео
Видео удаляю (оставляя звук)
Вставляю файл AVI
Вот так и мучаюсь.